1、物理过滤：应用机械方法将水中较大的颗粒隔出掉。如剩余的饲料颗粒、逝世亡鱼只的尸骨、鱼体的排泄物、分泌物、呕吐物、体表粘液等，一般多应用海绵、喷胶棉、细网目标尼龙网、棕榈叶纤维等。通常是设置在过滤体系的初始端，便于清洗。
2、生物过滤： 造就有益菌菌，通细致菌分解有害元素，如：氨盐、亚硝酸盐、硝酸盐、磷酸盐等等。常用的滤料有：生化球、陶瓷环、玻璃环、珊瑚砂等等（最重要的过滤方法，保持生态体系）。
3、化学过滤： 应用化学制剂除去水的杂质的方法，所应用的制剂有水质安宁剂、絮凝剂、除藻剂、蛋白质分解剂、除臭剂等等。
4、吸附过滤：木材、煤炭、果壳、动物骨等含碳量极高的物资能吸附海水中的蛋白质、微量元素、脱色、除异味，连臭氧的分子也能被它接收。鱼儿的尿液，水中的微藻以及药物也都能被它吸附掉。
5、光合细菌：水族箱中若存在光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物资加以接收应用，而使耗氧的异营性微生物因缺少养分而转为弱势，因而下降产生有毒分解产物的机遇，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。