胎儿在母体发育的时候如果因为母体的一些原因，或者是接触到了什么不好的东西，那么就会引发胎儿出现胚叶发育不良的现象，胎儿的胚叶发育不良的话会给胎儿带来巨大的损失，还会严重的威胁到胎儿的身体器官发育现象，胚叶有很多，孩子的任何一个地方出现了畸形现象的话都会给孩子带来很大的危害，那么胚叶发育不良到底是什么原因呢？
1、内分泌失调：胚叶早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，即雌激素、孕激素、人绒毛膜促性腺激素。作为母体来讲，如果体内内分泌失调，导致自身的内源性激素不足，就满足不了胚叶的需要，就有可能造成胚叶的停育和流产。
2、免疫因素：妊娠宫内的胚叶或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体，其和母体不可能完全相同。若母-胎间的免疫不适应，可引起母体对胎儿的排斥。
3、子宫异常：子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚叶发育产生影响。内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。外环境是指子宫发育异常，如单子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小等，其常因子宫腔体积较正常小，而导致胚叶发育到一定月数时，导致胚叶发育异常。
4、染色体的问题：染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，最常见的异常核型为三倍体，而16三体又占1/3，常有致死性。关于染色体问题目前的研究认为染色体间配对、互换和分离形成配子，配子结合形成合子。如果其中的合子有异常的，则导致不能正常发育，可导致流产、死胎、死产、畸形儿。
5、生殖道感染：妊娠早期严重的生殖道感染可引起胚叶死亡或流产，较轻感染亦可引起胚叶畸形。近年来研究表明，支原体感染与胚叶停止发育有关，胚叶停止发育妇女宫颈分泌物支原体感染阳性率明显高于正常妇女，并有极显着差异。
还有可能是由于孕妇在怀孕的时候所处于的环境因素造成的，如果胎儿的发育环境不好的话，那么就有可能会导致这个胚叶出现了发育不良的现象，胎儿的胚叶发育不良不要着急，要及时的检查到底是什么原因，如果孩子到了一定时间还没有发育好，时间不长的话也不是完全异常，建议最好是检查清楚对症的处理。