1、济宁医学院附属医院（三甲）
济宁医学院附属医院始建于1951年，是山东省区域医疗中心。2022年9月医院再次通过三甲复审，开放床位3028张，员工4869人，硕士及以上学位人员1493人，
2、济宁市第一人民医院（三甲）
济宁市第一人民医院始建于1896年，前身为美国教会巴可门医院和山东省立医院第三分院，是山东省历史悠久、文化深厚的百年老院之一。经过120余年的发展，医院现已成为山东省鲁西南地区学科门类齐全、医疗设备先进、专业特色突出的三级甲等大型综合公立医院。目前， 医院分总院区、东院区和西院区，设置床位4200张，目前高级专业技术人员 915 人，国务院特殊津贴专家 3人，泰山学者青年专家2人，济宁市有突出贡献中青年专家 11人，齐鲁卫生与健康领军人才2人，齐鲁卫生与健康杰出青年人才4人，济宁名医30人，济宁知名专家 63人，硕士生导师 91人，博士后、博士、硕士1681人。
3、山东省戴庄医院（三甲）
济宁市精神病防治院（山东省戴庄医院）始建于1952年，前身为山东省精神病康复医院，隶属山东省卫生厅。1956年11月更名为山东省戴庄医院，医院已成为集精神疾病诊疗、教学、科研、司法鉴定、酒依赖治疗、戒毒康复、吸毒成瘾认定、心理健康测查、职业病防治于一体的三级甲等精神病医院。医院占地260亩，建筑面积12万余平方米，在职职工929人，其中高级职称132人，博士硕士87人。核定床位1600张。
4、济宁市中医院（三甲）
济宁市中医院始建于1959年，是国家三级甲等中医医院，拥有经开区分院、康复医院两家分院，是济宁市集中医、中西医结合医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型综合性医院。目前医院核定编制床位436张，现有职工840人，其中副高级及以上职称88人；国家级中医临床研修人才1人，省级名中医3人，山东省五级师承导师9人；全国优秀中医临床人才1人，山东省优秀中医临床人才2人，济宁市名中医药专家12人。
5、济宁市妇幼保健院（三甲）
济宁市妇幼保健计划生育服务中心创建于1964年，是在市妇幼保健院和市计划生育指导中心基础上，于2016年6月份整合设立的，挂市妇女儿童医院牌子，是一所集医疗、保健、预防、康复于一体的妇幼保健计划生育服务机构。医院占地面积2.14公顷，建筑面积3万平方米。中心现有职工408人，其中专业技术人员380人，副高以上职称50人。
6、济宁市中西医结合医院（三级）
济宁市中西医结合医院前身为“济宁市任城区中医院”，2011年9月由济宁市卫生局批准更名为“济宁市中西医结合医院”。目前已发展为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的三级中西医结合医院，医院现有临床、医技科室38个，住院病区20个。开放床位800张。医院现有职工612人，其中正高级职称5人，副高级职称37人，中级职称175人，研究生学历66人，
7、济宁市任城区妇幼保健院（三级）