1、格列佛在家呆了一段时光，又随”好望号”出海。这一次，格列佛所乘的船遭贼船劫持，格列佛侥幸逃脱，被一座叫”勒皮他”的飞岛救起。这些人的相貌异常，衣饰怪僻，整天寻思默想。国王和贵族都住在飞岛上，老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上。
2、飞岛国的统治者过着阳光雨露、衣食充裕的生涯，而下层的人民却过着缺衣少穿的苦难生涯。飞岛国的人很重视科学研讨，他们设计从黄瓜里提取出阳光，用试验法把粪便还原为食物，用猪耕地，应用蜘蛛结网，用风箱打气治病——他们是一群幻想、不尊敬科学规律的“万能学者”。
3、格列佛分开飞岛后，来到巴尔尼巴比进行拜访，并参观了岛上的”拉格多科学院”，这所科学院研讨的部是些荒谬不经的课题，成果造成全国遍地荒漠，房屋坍塌，人民无衣无食，接着，格列佛来到巫人岛，岛上的总督精通魔法，能随便呼唤任何鬼魂。
4、格列佛因此会面了古代的许多名人，成果发明史书上的记录很多不符合史实，甚至是非颠倒。尔后，格列佛又游览了拉格耐格王国，见到一种长生不老人”斯特鲁布鲁格”。分开该国后，格列佛来到日本，然后乘船回到英国，这次航历时五年六个月，是时光最长的一次。