南京明故宫是在一次次的政权更迭中，被一点点拆毁，其拆毁历史进程为：
1、建成后首次毁坏，是朱棣起兵与建文帝争夺皇位的那场战争，期间发生过多次的火灾等自然灾害，毁坏了部分宫殿。
2、明朝灭亡清军进入南京，拆了明故宫的部分建造，用这些材料建造了一些建筑。
3、到洪秀全打下南京又从明故宫这座富矿上拆了一些建材去建他的天王府和其他王侯府邸。
4、洪秀全被曾国藩打败后进入南京到处放火，明故宫又被烧毁了大部分，此时地面之上的建筑已经基本没有完整面。
5、民国初，为解决落魄旗人的生计，又拆除了一些建筑修机场。
6、孙中山奉安大典要修中山东路，这条路从明故宫中间穿过，再次拆了一些建筑。基本已经被拆光。