秦始皇的“焚书坑儒”也不意味着儒学的被消灭。正因为儒学之盛影响到了秦的政治，才使得它遭到了这一厄运。同时，秦朝的“焚书”和“坑儒”，其直接目的是限制儒生，使其就范。
因为如果要消灭儒学，就应在焚书时只烧儒家的经典，而不是“百家语”；在禁止民间收藏《诗》《书》的同时，也不应允许秘府收藏、博士掌握。
而所谓的“坑儒”事件则是由方术士求仙药不成引起，坑杀的460余人不会全是儒生，而且其罪名是“为妖言以乱黔首”，并非针对儒家的思想主张。
所以，明人焦在《焦氏笔乘》中谈到：“秦时未尝不用儒生与经学也。”康有为的《新学伪经考》也认为，如果以“坑儒”为尽坑儒生，乃“非其诚而又增之”，“以坑儒为绝儒术者，亦妄言也”。
当然，焚书坑儒既然是秦始皇执行法家集权政治的必然结果，那么儒家等各派的思想在一定程度上遭到禁锢是肯定的。作为新的空前统一的封建帝国的创造者，秦始皇没有经验可以借鉴，在统治思想方面他要利用各家各派中自认为合理的东西。
司马谈《论六家要指》中说：“儒者博而寡要，劳而少功，是以其事难尽从。然其序君臣父子之礼，列夫妇长幼之别，不可易也。”
这种看法再适宜于秦不过了。秦统治者对儒家的伦理思想特别器重。《吕氏春秋》是一部以儒家思想为主体的着作，这在其伦理主张方面表现尤为突出。
吕不韦为秦相时，儒家思想占有重要地位。即使在吕不韦集团下台后，孔子的伦理思想，尤其是君臣、父子、夫妇之道，始终未废。孔子的忠、孝、节、义思想在秦代占据着统治地位。
不过，“焚”“坑”事件之后，许多学派的发展在一定程度上受到了限制，而儒家尤甚，他们失去了原来在政治舞台上的地位。
《太平御览》卷八六引《异苑》曰：“始皇既坑儒焚典，乃发孔子墓，欲取诸经传。”孔子在当时的地位明显下降，儒生的境况也急转直下，他们不敢再公开传道授学。这种文化高压政策，激起了人们的极大怨愤。
当陈胜起而反秦时，“鲁诸儒持孔氏之礼器往归之”，孔子的九世孙孔鲋甚至做了他的“博士”，儒生们加入到反秦的行列中。