石河子大学的二本专业在本部。学校是国家“211工程”重点建设高校、国家西部重点建设高校和省部共建高校，有东北中南四个校区，最北还有个新区。
学校前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中，1996年4月由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。石河子大学的二本专业有历史学、学前教育、中国少数民族语言文学、农学、地理科学、化学、动物科学、动物医学教育技术学科、学教物理学、旅游管理、园林、农业资源与环境、林学、植物保护、应用物理学、信息管理与信息系统、护理学、信息与计算科学、电子信息工程。
学校现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有92个本科专业，8个一级学科博士学位授权点、26个一级学科硕士学位授权点、20种硕士专业学位授权类别、4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、国家重点培育学科1个、自治区重点学科10个。