学部和学院的区别在于级别、规模等上的不同。学部制是超越学院层次的更高起点、更高标准、更高要求的一种开放式跨学科组织。在综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成学部。即院务会议领导下的学术指导、科研组织和协调机构。
级别不同：学部学部制是超越学院层次的一种开放式跨学科组织。综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成“学部”。学院包含两层意思，第一种是的是比大学规模较小的高校，通常学科门类相对较少的高校，这类高校下面还可设立二级学院和系。第二种是在大学中设置的二级学院，学院一般包含多个相近的学科专业或学系。系是高学校按照专业性质设置教学行政组织。级别上一般低于学院，一个系一般设一个或几个性质相近的专业。一般两至三个系组成一个学院，也有规模较大与学院平级的直属系。
规模不同：一般来说，在规模上呈现学部＞学院＞系的情形。
中外高校设置不同：学部制起源于欧洲，在欧美及日本大部分著名高校均采用学部制，逐渐形成类似大学——学部——系——研究所的高校学术组织架构。在中国，大陆学校中少有设置学部的情况，多为大学——学院（直属系）——系——实验室的学术组织架构。