关于燕王朱棣的生母之谜，有一种说法认为，朱棣是碽妃所生，被马皇后抚养。
那么，有哪些资料可以说明朱棣的生母不是马皇后呢？
一、朱棣的生母是碽妃
根据《南京太常寺志》的记载，朱棣的生母是碽妃，在明孝陵的享殿中，朱元璋和马皇后在正中，左边第一位是李淑妃，右边第一位是碽妃。
明末清初史学家谈迁、钱谦益、何乔远、潘柽章、李清都曾在自己的著作中提到《南京太常寺志》这本书。
《南京太常寺志》是明朝南京太仆寺卿汪宗元撰写的，已经遗失，汪宗元是嘉靖八年进士。钱谦益曾担任南明弘光政权的礼部尚书，据说他曾拜谒过明孝陵，发现孝陵神位的排列顺位与《南京太常寺志》的记载一致。
二、燕王朱棣与周王朱橚是一母所生，而朱橚的生母不是马皇后。
清朝张廷玉主持编修的《明史》有两处提到，周王朱橚是朱棣的同母弟。
“建文初，以橚燕王母弟，颇疑惮之。”（《明史·列传·诸王》）
“今欲问罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。”（《明史·列传·黄子澄》）
明朝洪武七年（公元1374年）九月，孙贵妃去世，因为孙贵妃没有儿子，朱元璋令周王朱橚服丧三年，太子朱标和诸王服丧一年。
“帝以妃无子，命周王橚行慈母服三年，东宫、诸王皆期”——《明史》 。
朱元璋令儒臣撰写《孝慈录》，规定庶子必须为生母服丧三年，众子为庶母服丧一年。
根据《孝慈录》的记载，“子为慈母，谓母卒父命他妾养己者”。
也就是说，生母去世后，抚养自己长大的父亲的妾室，应被视为慈母。
由此可见，朱橚的生母不是马皇后。
朱棣登基后，诸王的食禄都有所下降，只有周王朱橚的食禄增加了五千石，明仁宗朱高炽即位后，将周王朱橚的食禄增加至两万石，这种远超其他诸王的照顾和优待似乎也从一个侧面说明朱棣和朱橚很可能是一母所生。
三、朱棣由马皇后抚养长大，是嫡子。
明朝建文元年（公元1399年）七月，朱棣举兵，对朝廷上书，“切念臣于懿文皇太子同父母至亲也，于今事陛下，如事天也”（《明太宗实录》）。
不久，朱允炆下诏削燕属籍，讨伐燕王朱棣。
“去年，周庶人橚僣为不轨，辞连燕、齐、湘三王。朕以亲亲故，止正橚罪。今年齐王榑谋逆，又与棣、柏同谋，柏伏罪自焚死，榑已废为庶人。朕以棣于亲最近，未忍穷治其事。”（《明史·本纪·恭闵帝》）
这份诏书尽管列举了燕王朱棣的种种罪过，却唯独没有指责燕王冒充嫡子。
朱棣令方孝孺起草即位诏书时，两人的对话或许也能说明朱棣是嫡子。
“孝孺曰：‘成王安在？’成祖曰：‘彼自焚死。’孝孺曰：‘何不立成王之子？’成祖曰：‘国赖长君。’孝孺曰：‘何不立成王之弟？’成祖曰：‘此朕家事。’”（《明史·列传·方孝孺》）
此时，方孝孺已经抱着必死之心拒绝为朱棣起草诏书，如果他认为朱棣假冒嫡子，必然会当面揭穿。
朱元璋登基后便册立长子朱标为太子，确立了嫡长子继承制。深受朱元璋爱重的常遇春去世后，朱元璋让朱标迎娶常遇春的长女，册封常氏为皇太子妃，以表明自己对常遇春一家人的恩宠与厚待。而洪武三年，常遇春的长子常茂因为父亲的功劳被封为郑国公，在六位公爵中排名第三，仅次于李善长、徐达。
朱元璋在皇明祖训中规定，“兄终弟及，须立嫡母所生者，庶母所生，虽长不得立”（《皇明祖训》），这说明他很看重嫡庶之别。
如果朱元璋的嫡子只有朱标、秦王、晋王三位，那么为什么他不让晋王迎娶徐达的长女。
朱元璋为了招降元将王保保，把王保保的妹妹册封为秦王朱樉的正妃。
洪武六年（公元1373年）八月，朱元璋下诏册封永平侯谢成的女儿女为晋王正妃。
此时北元骁将王保保仍然在世，而徐达的地位在常遇春之上，是数次击败王保保的人，当时正是朱元璋倚重徐达的时候，为什么没让朱棡迎娶徐达的长女呢?
唯一的解释似乎是，燕王朱棣的身份与晋王朱棡的身份相同，都是嫡子。