临床上根据肾盂肾炎的病情可分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。
经过积极彻底的治疗，绝大多数急性肾盂肾炎是可以治愈的。少数患者因各种原因出现持续感染、病程延长、反复发作，也可发展为慢性肾盂肾炎，是慢性肾功能衰竭的重要原因之一。
1.急性肾盂肾炎
大部分育龄妇女通常发病突然，突然发冷或寒战，然后发热。患者经常抱怨腰痛、肾区压痛和叩诊痛。大多数患者表现出尿频、尿急和尿痛等膀胱刺激症状，并伴有全身不适、头痛、恶心和呕吐。
血常规检查，白细胞总数增加，一般无高血压、氮质血症。
尿常规检查以脓尿为其特征性改变，尿细菌培养和菌落计数是明显急性肾盂肾炎的重要指标。必须注意的是，很多急性肾盂肾炎的临床表现与膀胱炎非常相似，有膀胱刺激症状，但无明显全身感染。临床上有时很难与膀胱炎相鉴别，往往需要通过实验室检查才能做出正确诊断。
2.慢性肾盂肾炎
大多数急性肾盂肾炎未得到积极治疗或其诱发因素(如尿路梗阻等。)未得到缓解，部分患者无明显急性起病期。慢性肾盂肾炎的症状轻微而复杂。在肾盂肾炎漫长的病程中，患者往往没有明显的临床症状，主要表现为真性细菌性尿液，尿液中仅有少量白细胞和蛋白质。
有时只是乏力、不规则低烧、腰酸背痛等。大多数患者有长期或反复的尿路感染史，有时会出现急性尿路感染的症状。
晚期可出现贫血，血尿素氮增高，肾功能逐渐衰竭，消化道症状如消瘦、无精打采、食欲不振等。有些病人可能有高血压。
由于慢性肾盂肾炎主要在肾脏的髓质和乳头，肾小管的功能往往首先受到影响，肾脏的浓缩功能受损。因此，有的患者出现多尿症状，有的患者出现尿酸功能障碍，导致继发性肾小管酸中毒，有的患者因多尿而演变为失钠性肾病或失钾性肾病。
部分无明显临床症状的慢性肾盂肾炎患者，可以肾功能不全为首发临床表现。