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主要方法
阴茎根部的尖锐湿疣可采用药物疗法，药物疗法一般是首选疗法，可以使用阿昔洛韦，但是西药治疗一般只能够对尖锐湿疣进行控制，并不能对神经节细胞和病毒进行清除，所以会有病毒残留，这也是尖锐湿疣复发率高的重要原因。
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辅助方法
可以配合微波治疗，微波是采用高频振动，使疣体蒸发脱落。另外也可以采用激光治疗，该方法会有明显的痛感。
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在可行的情况下，建议将以上几种方法综合性治疗，治好尖锐湿疣后要注意日常的护理，改变饮食结构，重点提升个人免疫力，减少酒和辛辣食物的摄入，另外要告别不洁性生活。