主要不同之处在于：激光是一种单色性、相干性光源，因此对单一靶色基的选择性高，破坏力强；而强脉冲光是一种多色性、非相干性光源，对单一靶色基的破坏力较激光弱，但能同时针对色素、血管和水等多种靶色基进行治疗，因此对于复杂皮损更具优势。
激光是波长固定的单色光，而强脉冲光是波长在420-1200之间，光谱宽，易调节。不同于激光的固定不可调，强脉冲光的脉宽一般式连续可调的。强脉冲光每次出光都可以选择1-3个脉冲，且光斑较大，而激光更多的是只有单个脉冲，光斑很小。强脉冲光是一种以脉冲方式发射的强光，可以做到在光发射时，能量被发出，脉冲延迟，使靶组织冷却下来，因而保证了治疗的安全性。强脉冲光里包含着一连串波长，而激光在治疗上则更具有针对性，比如说祛斑或者去痘印。