海门市是江苏省南通市代管的县级市，位于江苏省东南部。东濒黄海，南倚长江，与上海隔江相望，素有“江海门户”之称，被誉为“北上海”。海门市位于万里长江入海口，与上海的直线距离仅60公里，海门市土地面积1148.77平方公里。海门境内地势平坦，沟河纵横，地表平均海拔4.96米（以废黄河为基准）。地势呈西北略高、东南偏低，西部最高处海拔5.2米，东部最低处海拔2.5米，南北横截面呈孤形，两头低、中间高。
海门因其特殊的地理位置，拥有丰富的江海滩涂湿地资源。截止2013年，黄海滩涂总面积9.7万亩，长江滩涂总面积11.90万亩。部分滩涂已被开发利用于水产品养殖。
海门属长江流域范围，紧靠长江入海口，境内河网密布，水资源丰富。主要河道为人工河道，形成三横七竖的格局。三横从北向南依次为通吕运河、通启运河和海门河，为境内最主要的三条河流，均为东西走向。
七竖自西向东依次为新江海河、浒通河、青龙河、圩角河、大洪河、大新河、黄家港——灵甸河，均为南北走向，境内其它小河多数呈南北走向与这七条河流平行等距分布，区域内的河道已全部连通。