慢性结肠炎是结肠黏膜的慢性炎症，病程长，症状反复。慢性结肠炎的原因很多，应针对病因进行综合治疗。
慢性结肠炎的病因可能是慢性细菌感染、寄生虫感染、过敏、药物刺激、非特异性结肠炎(包括溃疡性结肠炎、克罗恩病等。).了解慢性结肠炎的病因非常重要。1.感染性结肠炎常用抗感染药物:根据细菌培养结果，选择致病菌；如果是寄生虫就要进行抗寄生虫治疗。
2.抗炎药，如氨基水杨酸；主要用于溃疡性结肠炎，尤其是轻中度溃疡性结肠炎，或治疗后重度溃疡性结肠炎。3.皮质类固醇:常用泼尼松，常用于中度溃疡性结肠炎和克罗恩病患者。4.益生菌:轻度慢性结肠炎、无特异性诊断的慢性结肠炎、无特异性致病菌的患者可使用此类药物。
慢性结肠炎属于中医“慢性腹泻”的范畴。慢性腹泻的部位主要在肝脾。治疗要以中医辨证为主，因人而异。建议去正规医院，听听专业中医的意见。另外，服药期间，不要吃太多油腻、辛辣、烟酒等食物，注意饮食，少食多餐，作息规律，不要熬夜。慢性结肠炎的最佳治疗方法是药物和饮食控制的综合治疗。