《金陵十三钗》这部电影因其独特的艺术性广受好评，影片中金陵十三钗在家国危难之时，挺身而出，为了保护女学生，甘愿代替她们承受日寇的侮辱，令无数的人为之感动。
1937年，卢沟桥事变爆发，日军开始了全面侵华战争，在占领上海后，日军急速南下，意图占领南京。中国立马派出军队拦截，进行南京保卫战。
蒋介石调动了从上海撤退的军队，可谁知由于命令下达过于仓促，军队从上海撤离时没能完成交接工作，又赶上日军大规模空袭，组织溃散只好仓皇逃走，更加无法到达南京进行防御作战，日军趁着这个空隙大举进犯，南京守备军虽然苦苦抵抗，然后不敌日军火力威猛，南京城很快沦陷了。
12月，日军占领了南京，日军司令官松井石根和师团长古寿夫传下命令，对南京同胞展开了惨绝人寰的大屠杀，长达四十多天的时间里，他们烧杀抢掠，没有反击之力的百姓们被日军残忍的杀害，幸存的人也只能东躲西藏以求一线生机。
故事就这样开始了，金陵十三钗本是秦淮河岸的烟花女子，为了躲避日军的残杀，主人公玉墨带着姐妹们逃到了一家国际友人资助的教堂中。
当时有许多的国际友人，向中国伸出援手，比如德国人贝拉，他是西门子中国分部的负责人，虽然他只是一个普通的工作人员，但是他的国籍身份成为他最好的保护伞，让他在中国拥有一定地位和号召力，因为德国身份可以让日本人将他当作“同盟”不至于被迫害，贝拉就凭借这个方便和妻子在公司里为中国同事及家人提供避难所和食物。
教堂由于是国外的教派，神父也是外国人，所以还是一个相对安全的地方，玉墨带着姐妹们到了一所国际友人修建主持的教堂避难，但是却不想神父拒绝了她们这群烟花女子，怎么也不肯让他们进教堂，还让人把她们拦在外面，无论玉墨等人如何苦苦哀求，神父都不肯松口。
玉墨等人只为了活命，无奈之下，她重重地向神父下跪，真诚地向他恳求：自己一行人的确身份卑贱，但她们并不是自轻自贱，实属无法生存才被迫走上了这条道路，如今日寇猖行，如果流落在外面，等待她们的就只有一死，希望神父能给她们一个庇护之所，除此之外别无他求。
神父低头沉思了一会，教堂本就是拯救世人的所在，自己的职责也是帮助世人脱离苦难，若是真的放任她们在乱世之中自生自灭，才是违背了本意。于是，神父答应了玉墨，玉墨十分感激地再次向神父下跪。
就这样，金陵十三钗终于进入了教堂，此时在教堂中避难的还有一群女学生。这些女学生不谙世事，有些瞧不起玉墨这些烟花女子。
她们读过书，受过好的教育，生存在一个比较单纯的环境中，所以不理解在乱世之中，玉墨等人也是走投无路，才沦落这般地步，并非是贪图钱财才出卖自己的身体。双方在教堂中避难的日子，发生了不少冲突，然而这些摩擦在日寇暴行给大家带来的冲击中显得那么微不足道。
疯狂的日军早已在这场屠杀中泯灭了人性，终于把魔爪伸向了玉墨等人避难的教堂，一个清晨，日军闯进了教堂。当时教堂中还有几位受伤的中国士兵，日寇一进入教堂，立马杀害了这些士兵，紧接着就试图残害这些女学生。日寇中一位队长表示，希望这些女学生能够跟他们去日本军队里，为他们唱一些庆祝胜利的歌。
这些日寇的卑劣心思人尽皆知，谁都知道绝非唱歌这般简单，一旦落到日寇的手里，这些女学生一定会受尽折磨。然而这些日军手中都有枪，如果这时反抗，大家肯定都活不了。危急时刻，教父站了出来，他向这些日寇说道：“这座教堂虽然在南京城内，但是依旧受到国际条例的保护，你们无权强闯，更不可以随意行动，否则你们一定会遭到国际的审判。”
教父的外国人身份对这些日寇起到了一定的震慑作用，当时虽然世界大战正在进行，但是国际条例还是有一定的约束性。但是，南京城已经处于日寇的掌控，就算他们不敢做得太过分，但是抓几个学生走谁也管不了他们，他们对神父说，他们只是带走这些女学生唱歌而已，只要跟他们走，教堂里的其他人绝对不会受到伤害。
在这部剧的原型中，一位名叫明妮· 魏特林的人是当时的金陵女子文理学院的教育系系主任，当时这所学校也属于教会学校，也就是说处在一个相对安全的环境中。明妮帮助了大批妇女儿童进入学校避难，逃离日寇的威胁。
明妮留下的日记中写道：1937年12月24日，明妮被叫到日军军官办公室，她被要求从当时的一万名南京难民中挑选出一百位妓女，贡献给日军，这样日本士兵就不会到处糟蹋平民妇女了，最终他们挑走了二十一位女性。
在《金陵十三钗》中，这些女学生不幸被日军选中，神父也无可奈何，如果不答应，教堂中避难的其他人也会惨遭枪杀，神父无比艰难地答应了日军明天过来接人的条件。
得知这一消息的女学生们无比地绝望，不敢想象一天后会陷入怎样悲惨的境地，甚至有几个学生不愿遭受此劫难，想要跳楼一了百了。正在这个时候，玉墨竟然站了出来，提出由自己和姐妹们代替学生去日本人那里，希望这些学生妹妹能够好好活下去。
她们剪去长发，擦掉妆容，换上了学生服，平静地接受即将到来的厄运。平日里很看不惯这些风尘女子的学生们心中不免五味杂陈，其实玉墨等人并没有将这些女学生的误解放在心上，她们在乱世之中跌跌撞撞走到今天，看过太多人情淡薄，遭受过无数的恶意与冷眼，早已不再为这些诋毁所伤心难过，她们愿意以身饲虎，不过是不愿日寇侵害自己的同胞，不忍这些女学生们就这般结束年轻的生命。
学生们的误解也只是因为她们心思单纯，没有经历过太多人世间的磨难，这不就是当初的自己吗？所以，既然自己的未来已经模糊而又暗淡，何不让这些学生们好好活下去，带着希望替自己看看和平的未来。
玉墨等人这般想着，心中虽然有面对折磨与死亡的恐惧，但没有一个人想过退缩和放弃。这一晚，她们将身上最珍贵的东西都留给了这些女学生，父母留下的项链、赎身的钱……无一不承载着她们曾经对生活的希望。
第二天清晨，乔装成学生模样的金陵十三钗毅然决然地登上了日寇的军车。在日本人的手中，她们遭受了非人的折磨，有的人实在不堪受辱自尽而亡，也有的被充当慰安妇折磨致死，她们先后离开了这个世界，那些精致美丽的面容，操着一口吴侬软语唱的《秦淮景》，都化为烟尘消散在了空中。
唯有玉墨，侥幸成为了唯一一名幸存下来的人，她偶然得到机会从日军手里逃跑出来，为了躲避日寇地追捕东躲西藏，甚至毁掉了容貌，才得以苟延残喘地活了下来。
她在黑暗中艰难地生存，无时无刻不在承受着身体与心灵上的痛苦，但是有一个信念支撑着玉墨，她相信日寇一定会被赶出中国的土地，南京城还能回到从前的繁华与笙歌，为了这一天的到来，她可以忍受万般苦楚。
终于，1945年8月15日，日本宣布无条件投降，玉墨终于等来了这一天，这无疑是她阴霾的世界里照进的一缕光芒。第二年8月，国际法庭开庭，对日本在战争中犯下的巨大罪行进行审判，而玉墨，也作为证人出庭作证。
在审理的过程中，玉墨忍受着无法言喻的痛苦，再次翻开破碎的伤疤，仔细回忆了日军对她犯下的所有罪行，她讲述着姐妹们是如何被日军折磨又杀害，种种惨无人道的罪行令人无不气恨到咬碎了一口牙。在玉墨的作证下，日寇的暴行被公之于众。
庭审结束后，玉墨站起身，走出了法庭，就在这时，一个人叫住了她：“请问你是玉墨吗？”这人正是当年几位女学生中的一位，但是玉墨见到故人，却拉了拉衣服，小声说：“不是，你认错人了。”然后匆忙离开。历经了此般人生变故，玉墨容颜已毁，从前的伤害已深入骨髓，今后无论是否开始新的生活，她都并不想再回忆起往事，所以当看到故人，她没有相认，反而匆忙离去。
《金陵十三钗》的故事只有大致的原型，电影本身运用了许多艺术手法来渲染描绘，但是我们知道，整个抗日战争期间，日寇抓去我国二十万女性充当慰安妇。这些可怜的女性在日军的魔爪下饱受折磨，仅凭一句史料的记载，我们根本无法想象她们所经受的痛苦。
2014年的时候，我国进行了相关统计，中国大陆上幸存的慰安妇仅有二十二位，至今更是相继离开人世，她们艰难得活下来，每一天都在经历心灵上的苦痛与身体上的病痛，她们的存在，是日军罪行的最有力的证据，然而，直到今天，她们都没能等到日军的忏悔和道歉，日军不断地美化事实，用狡猾与无耻来掩盖他们所犯下的滔天罪行。
南京大屠杀，也就是《金陵十三钗》的历史背景中，日军大肆屠杀者手无寸铁、毫无反击之力的百姓，他们杀人、饮血，干尽了一切无法想象的残暴恶行，在一个外国传教士的记录中写道，他进入南京城以后，看到的一切都是那样的恐怖。
在后来东京审判的法庭中，他也出庭作证：日军进入南京后的所作所为，连畜生都比不上，他们杀人如麻，大肆侮辱女性，每天大街上都会想起妇女的惨痛叫声，每一刻都不曾停歇。
1937年12月13日，在南京沦陷于日军之手后，昔日繁华的古都成了一片修罗场，满地都是横尸、到处是残垣断壁、流民在四处逃窜，简直是人间地狱，这是中国人永远的伤痛。
课本中曾有过这样一句话：“作为历史的回顾，我们不能只有四大发明、古国文化、开元盛世、丝路花雨，也应该有南京大屠杀。”中国人不会忘记这段惨痛的历史，它无时无刻不在提醒着我们，落后就要挨打，只有国家强大，才能阻止这样的悲剧再次发生。
如今，我们的国家已经傲立于世，这是中国人付出了鲜血和生命的代价才换来的，他们用鲜血祭奠国家被欺凌的那段历史，今天，我们终于可以以强大的国家力量、钢铁的民族之气来告慰那些逝去的灵魂。