面对乾隆末年危机四伏的政局。嘉庆帝打出咸与维新的旗号。整饬内政。整肃纲纪。诛杀权臣和珅。罢黜、囚禁和珅亲信死党。诏求直言。广开言路。祛邪扶正。褒奖起复乾隆朝以言获罪的官员。诏罢贡献。黜奢崇俭。要求地方官员对民隐民情纤悉无隐。据实陈报。力戒欺隐、粉饰、怠惰之风。但其对内政的有限整顿。未能从根本上扭转清朝政局的颓败。
国内阶级矛盾尖锐。农民起义如火如荼。嘉庆帝即位后。倾尽全力。大举围剿镇压川、楚、陕农民大起义。更易统兵大员。严惩镇压不力的将吏。严密军事部署。实行剿抚兼施的两手政策。分化瓦解起义军。实行寨堡团练的坚壁清野政策。割断了起义军与人民的联系。嘉庆十年。川、楚、陕农民起义被镇压。清统治力量也受到严重削弱。嘉庆十五年。镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。嘉庆十八年。北方爆发天理教起义。部分天理教徒。在太监接应下冲进皇宫。酿成汉唐、宋明未有之事。颙琰下诏罪已。同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮。无一幸免。并捕杀在城外的头目林清等。天理教起义被镇压。