不同的动产的抵押登记机关有：
1、企业设备、原辅材料、产品或商品等。工商部门。《企业动产抵押物登记管理办法》；
2、非农用机动车。车辆管理局。《机动车登记办法》；
3、农用机器设备。农机站；
4、农作物和其他农业收获物。农业局；
5、果园、树林。林业局；
6、船舶《海商法》所指。海事局《海商法》、《船舶登记条例》；
7、渔业船舶。渔政渔港监督管理局。《渔业船舶登记办法》；
8、民用航空器。民用航空管理部门。《民用航空法》。
【法律依据】
国家工商总局《企业动产抵押物登记管理办法》第一条规定。为加强对企业动产抵押物的登记管理。防止重复抵押。保障抵押债权的实现。根据《中华人民共和国担保法》的有关规定制定本办法。